O Programa de Pós-graduação Stricto sensu em Biologia Computacional e Sistemas do Instituto Oswaldo Cruz (PGBCS/IOC/FIOCRUZ) teve seus cursos de mestrado e doutorado credenciados pela Coordenação de Aperfeiçoamento de Pessoal de Nível Superior (Capes/MEC) em 2007. As primeiras turmas foram abertas em 2008. O Programa está credenciado com conceito 5 junto à Capes.
O Programa surgiu a partir da área de concentração do Programa de Pós-graduação Stricto sensu em Biologia Celular e Molecular do Instituto Oswaldo Cruz (PGBCM/IOC/Fiocruz), criada em 2003, cuja ideia era sistematizar o ensino de técnicas matemáticas e computacionais no Instituto. No entanto, o Programa passou por uma reestruturação dois anos depois, extinguindo-se a área de concentração.
A partir deste contexto, a discussão para a criação de um Programa de Pós-graduação Stricto sensu com esse viés foi retomado, culminando na criação do PGBCS e seu consequente credenciamento em 2007. A implementação do Programa teve o apoio e a participação de docentes dos diferentes Programas de Pós-graduação Stricto sensu do IOC, do Programa de Computação Científica da Fiocruz e de diferentes instituições, como a Universidade Federal do Rio de Janeiro, o Instituto Militar de Engenharia, a Pontifícia Universidade Católica do Rio de Janeiro e o Laboratório Nacional de Computação Científica do Ministério da Ciência e Tecnologia (MCT).